基于原位測序的空間轉錄組技術(shù)?；谠粶y序（ISS）的方法通過(guò)測序產(chǎn)生空間轉錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個(gè)探針與模板匹配，不匹配的探針就會(huì )被洗掉。2013年開(kāi)發(fā)的ISS中，每個(gè)探針使用一個(gè)查詢(xún)堿基來(lái)測序基因條形碼。FISSEQ和后來(lái)的EXeq使用了SOLiD，每個(gè)探針使用兩個(gè)查詢(xún)堿基來(lái)測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個(gè)類(lèi)似固體的查詢(xún)堿基來(lái)避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：?jiǎn)渭毎直媛?、亞細胞轉錄物定位和可應用于更大的組織區域。缺點(diǎn)是：檢測效率較低。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學(xué)數據的互補性質(zhì)的新方法。湖南運用空間轉錄組

空間轉錄組轉錄組技術(shù)的發(fā)展主要經(jīng)歷了三個(gè)比較重要的階段，第一階段是對大量混合細胞進(jìn)行轉錄組測序，第二個(gè)階段是單細胞轉錄組測序，現在我們講的就是第三結算空間轉錄組測序可以同時(shí)獲得細胞的空間位置信息和基因表達數據。它通過(guò)細胞穿透肽，將一個(gè)光作用的生物素標簽引入活細胞中。通過(guò)對選定的區域或單細胞進(jìn)行光作用，poly(U)序列暴露出來(lái)，并與細胞mRNA的poly-A尾退火。之后利用鏈霉親和素與標簽上的生物素相結合，可以收集捕獲的mRNA，進(jìn)一步用于RNA-seq。雖然它可以應用于組織，但它的主要限制是其通量低，一次只能分析少數單個(gè)細胞。此外，對活組織的應用限制了它在模型系統分析中的應用。 湖南運用空間轉錄組細胞通訊是單細胞研究中一個(gè)模擬與理解復雜組織生態(tài)系統動(dòng)力學(xué)的適用方法。

空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現單細胞建庫，這里比較大的問(wèn)題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉錄組技術(shù)實(shí)現細胞的位置信息的保留，對研究此類(lèi)細胞狀態(tài)尤為必要。

人類(lèi)細胞圖譜項目極大地推動(dòng)了單細胞水平的生命科學(xué)研究?？臻g轉錄組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和空間基因表達數據的快速積累是未來(lái)的發(fā)展趨勢。我們將繼續收集新的技術(shù)和數據集來(lái)更新SpatialDB?？臻g轉錄組數據分析的**是根據每個(gè)芯片上每個(gè)spot的基因表達信息進(jìn)行聚類(lèi)，然后將spot根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時(shí)可以對每個(gè)gene在組織上表達的空間位置進(jìn)行定位。此外，我們將整合更多的工具和數據源來(lái)分析數據。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經(jīng)驗，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。HE 染色適用于空間轉錄組的組織學(xué)呈現方法。

空間轉錄組數據分析的重要是根據每個(gè)芯片上每個(gè)spot的基因表達信息進(jìn)行聚類(lèi)，然后將spot根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時(shí)可以對每個(gè)gene在組織上表達的空間位置進(jìn)行定位。獲得測序數據后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動(dòng)化的對圖像進(jìn)行處理、數據比對和Barcode處理。另外一個(gè)軟件Loupe Cell Browser是一個(gè)適用于Windows和MacOS的桌面應用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數據。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經(jīng)驗，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。通過(guò)空間轉錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉錄信息，為研究和診斷提供有效數據支撐。湖南運用空間轉錄組

結合空間轉錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。湖南運用空間轉錄組

當前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實(shí)驗結合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個(gè)細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結合的策略?；贚CM的轉錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數據粗略地整合到構成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉錄組學(xué)?；趫D像的原位轉錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區域，但也存在一些問(wèn)題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個(gè)細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無(wú)法在單個(gè)細胞中獲得轉錄組。湖南運用空間轉錄組

上海歐易生物醫學(xué)科技有限公司致力于醫藥健康，是一家服務(wù)型公司。公司自成立以來(lái)，以質(zhì)量為發(fā)展，讓匠心彌散在每個(gè)細節，公司旗下科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢(xún)深受客戶(hù)的喜愛(ài)。公司將不斷增強企業(yè)重點(diǎn)競爭力，努力學(xué)習行業(yè)知識，遵守行業(yè)規范，植根于醫藥健康行業(yè)的發(fā)展。歐易生物憑借創(chuàng )新的產(chǎn)品、專(zhuān)業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來(lái)的聲譽(yù)和口碑，讓企業(yè)發(fā)展再上新高。